1、概念不同军事禁区，是指设有重要军事设施或者军事设施具有重大危险因素，需要国家采取特殊措施加以重点保护，依照法定程序和标准划定的军事区域。军事管理区，是指设有较重要军事设施或者军事设施具有较大危险因素，需要国家采取特殊措施加以保护，依照法定程序和标准划定的军事区域。

2、包含关系不同军事管理区是指这一区域的管理权归军队所有，军事禁区则是非特许不可进入的区域。军事管理区不一定是禁区，但军事禁区一定是军事管理区。

3、强调不同军事禁区强调的是禁，一般都是野外山区之类的，不容许穿越进入。军事管理区强调的是管理，主要是一些机密的和对安全要求比较高的国家机关单位等。