名侦探柯南与黑衣组织有关的集数（不完全统计）有以下：001《云霄飞车杀人案件》、002《董事长千金诱拐事件》、005《 新干线大爆破事件》、013《奇怪的寻亲杀人事件》、043《江户川柯南诱拐事件》、048——049《外交官杀人事件》、128《黑暗组织10亿抢劫事件》、129《来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件》。

176到178《与黑暗组织的再会》、188到189话、190到193《危命的复活》、286到288《工藤新一纽约事件》、309到311《与黑暗组织的接触》、462到465《黑暗组织的影子》、580《紧迫黑色的时限》、671 到674《侦探们的夜想曲》、699到700《逼近灰原秘密的黑影》、701到704《漆黑的特快列车》、703到704《漆黑的特快列车》等。