发现幽门螺杆菌感染后，经过规范化的四联疗法治疗，持续10-14天，疗程结束后，需要在4-8周后首先尿素呼气试验，也就是俗称的C13或C14呼气试验进行疗效评估，在此期间应注意不能服用抗菌药物，铋剂和某些具有抗菌作用的中药或PPI制剂，也就是各种拉唑类抑酸药。上述药物会影响对检验结果的判断，因此，疗程结束后如仍有胃疼反酸放屁等消化道症状要排除是否是根除方案制定不佳或患者服药依从性不好导致治疗失败，或是疗程结束后评估结果出现的误判。

幽门螺杆菌相关性胃炎伴消化不良的患者在根除幽门螺杆菌后，症状无改善，或仅有短时间改善，属于功能性消化不良，也就是消化道症状与幽门螺杆菌有密切关系，但幽门螺杆菌感染并不是引起消化不良的唯一因素。胃酸分泌过多也是其中原因之一，胃动力缺乏也是一种原因，因此，在此种情况下可以根据临床症状服用相关药物对症治疗，反酸胃疼可以服用PPI，胃动力不足引起的恶心呕吐或便秘可以服用胃动力药如莫沙必利，或多潘立酮(吗丁啉 )