二者的区别在于传染性不同，发病的部位以及症状不同。珍珠状阴茎丘疹皮损表现是针尖大小白色丘疹，主要分布在冠状沟边缘或者冠状沟，呈1-2排分布，没有任何症状。而尖锐湿疣是一种由人类乳头瘤病毒感染引起的，属于性传播疾病，有传染性，好发在外生殖器、肛周和肛门等处。主要表现是乳头状或菜花状的丘疹，可以缓慢发展，融合成核桃大小，有的呈鸡冠状，有的呈菜花状。