一、位置不同1、温州医科大学：学校位于温州市学院西路268号。

2、温州医科大学仁济学院：温州医科大学仁济学院新校区位于温州市洞头区北岙街道新城二期围垦地块，东临大门环路，南靠霓屿路，西侧紧靠滨海大道，北与海景大道相邻。

二、性质不同1、温州医科大学：第二批省重点建设高校，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权，是国家卫生健康委员会、教育部和浙江省人民政府三方共同建设的高校。

2、温州医科大学仁济学院：成立于1999年8月，是经国家教育部和浙江省人民政府批准设立的，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。三、院系专业不同温州医科大学：截至2018年10月，学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。温州医科大学仁济学院：有医学、理学、工学、管理学、文学、法学6大学科门类24个本科专业，其中省重点学科1个、省新兴特色专业4个、市重点建设专业3个，省、市精品课程4门，省级重点教材6部。