首先，在小田卷博士的引导下正式开始黑魅之旅，选好性别、名字，首发场景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡，阿克罗玛说要用奇怪的装置引导主角清醒过来。然后是主角的梦境里，选择最上方的红色大门，其他两个进不去，回到了卡车内，这是主角来到芳缘的第一天，下车，妈妈来打招呼，然后是上楼，调时间，调好后妈妈会过来对话，可以从电脑里拿出一个伤药。

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然后，依然看不到爸爸的镜头，妈妈说要你去找小田卷博士，博士不在家，先去拜访一下邻居未白镇平面地图，去二楼调戏下小遥，就出门，向上走，发现小田卷博士再次被追了，选初始精灵吧，小夜选了傲娇蛇。初始精灵：暖暖猪，技能：撞击+叫声，球海獭，技能：撞击+摇尾巴，藤叶蛇，技能：撞击+瞪眼，对方是Lv.2蛇纹熊，轻松搞定，回到研究所里，从博士那里拿到精灵后答应去找小遥，向上穿过101号道路(101号路平面地图)，来到古辰镇(古辰镇地图)。

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然后，在店员那里拿到一个伤药，继续向上，在幻影之森找到索罗亚变成的小遥，被识破后进入战斗，Lv.5索罗亚，战斗胜利后得到Lv.5索罗亚，小遥表示要跟主角在103号道路比试(103号路平面地图)，在下方路口找到小遥，对话进入战斗，小遥精灵：Lv.5火雉鸡，胜利后得到小遥的半个爱心球，原路回到研究所，得到精灵图鉴和精灵球*5。出门妈妈给了风速鞋，按B键，模拟器X键可以跑步，出门向上走，在未白镇上方草地可捕捉草系御三家，古辰镇上方是水系御三家，古辰镇左边是火系御三家，在102号道路(102号道路平面地图)，打败几个训练师，在路口被叫住了，竟然是火箭队。

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然后，火箭队的目标当然是主角手上的精灵了，进入战斗，火箭队精灵：Lv.5喵喵，胜利后火箭队跑掉了，而此时在研究所内，阿克罗玛发觉有些不对劲，继续向左，来到橙华市(橙华市地图)，先去道观看看。与爸爸对话后，与小光一起去抓精灵，与亚希达相遇，继续向左上，来到橙华森林(橙华森林地图)，老地方又跟大叔见面了，水舰队参上，进入战斗，对方为：Lv.9土狼犬，胜利后得到超级球。走出森林来到104号道路(104号道路地图)，在花店里得到吼吼鲸喷壶和甜桃，到达卡那兹市(卡那兹市及道馆地图)，这里拿到HM01居合斩，在训练师学校得到先制之爪，第一个道馆为岩石系(卡那兹市及道馆地图)，馆主精灵：Lv.15大岩蛇 Lv.15钢磁鼻 Lv.18由基