首先,在小田卷博士的引导下正式开始黑魅之旅,选好性别、名字,首发场景是小田卷的研究所,主角和女主都陷入了不明原因的沉睡,阿克罗玛说要用奇怪的装置引导主角清醒过来。然后是主角的梦境里,选择最上方的红色大门,其他两个进不去,回到了卡车内,这是主角来到芳缘的第一天,下车,妈妈来打招呼,然后是上楼,调时间,调好后妈妈会过来对话,可以从电脑里拿出一个伤药。
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然后,依然看不到爸爸的镜头,妈妈说要你去找小田卷博士,博士不在家,先去拜访一下邻居未白镇平面地图,去二楼调戏下小遥,就出门,向上走,发现小田卷博士再次被追了,选初始精灵吧,小夜选了傲娇蛇。初始精灵:暖暖猪,技能:撞击+叫声,球海獭,技能:撞击+摇尾巴,藤叶蛇,技能:撞击+瞪眼,对方是Lv.2蛇纹熊,轻松搞定,回到研究所里,从博士那里拿到精灵后答应去找小遥,向上穿过101号道路(101号路平面地图),来到古辰镇(古辰镇地图)。
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然后,在店员那里拿到一个伤药,继续向上,在幻影之森找到索罗亚变成的小遥,被识破后进入战斗,Lv.5索罗亚,战斗胜利后得到Lv.5索罗亚,小遥表示要跟主角在103号道路比试(103号路平面地图),在下方路口找到小遥,对话进入战斗,小遥精灵:Lv.5火雉鸡,胜利后得到小遥的半个爱心球,原路回到研究所,得到精灵图鉴和精灵球*5。出门妈妈给了风速鞋,按B键,模拟器X键可以跑步,出门向上走,在未白镇上方草地可捕捉草系御三家,古辰镇上方是水系御三家,古辰镇左边是火系御三家,在102号道路(102号道路平面地图),打败几个训练师,在路口被叫住了,竟然是火箭队。
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然后,火箭队的目标当然是主角手上的精灵了,进入战斗,火箭队精灵:Lv.5喵喵,胜利后火箭队跑掉了,而此时在研究所内,阿克罗玛发觉有些不对劲,继续向左,来到橙华市(橙华市地图),先去道观看看。与爸爸对话后,与小光一起去抓精灵,与亚希达相遇,继续向左上,来到橙华森林(橙华森林地图),老地方又跟大叔见面了,水舰队参上,进入战斗,对方为:Lv.9土狼犬,胜利后得到超级球。走出森林来到104号道路(104号道路地图),在花店里得到吼吼鲸喷壶和甜桃,到达卡那兹市(卡那兹市及道馆地图),这里拿到HM01居合斩,在训练师学校得到先制之爪,第一个道馆为岩石系(卡那兹市及道馆地图),馆主精灵:Lv.15大岩蛇 Lv.15钢磁鼻 Lv.18由基