南京农业大学是教育部直属的211全国重点大学，比较好的专业包括生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理，这几个专业都是国家级特色专业。

南京农业大学最强的学科是作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理，这几个学科在2017年第四轮学科评估得分A+，属于全国第一的水平。

其他比较强的学科有公共管理（得分A）、食品科学与工程、园艺学（得分A-）。