头孢类抗菌药物和阿奇霉素的区别主要在于作用机制、抗菌谱还有用法以及副作用方面。

头孢类抗菌药物现在已经发展到第五代，一二代头孢菌素如头孢唑林、头孢呋辛其对革兰氏阳性菌效果好，对革兰氏阴性菌效果弱，三代头孢菌素如头孢他啶、头孢噻肟等对革兰氏阴性菌效果好，对革兰氏阳性菌效果弱。头孢四代如头孢匹罗和头孢五代头孢洛林酯等是高效广谱抗菌药物，对一些耐药菌也有较好的疗效。

而阿奇霉素属于大环内脂类抗生素，它的主要特点是对支原体衣原体等非典型病原体有效。对于非典型病原体引起的肺炎、沙眼衣原体、淋病奈瑟菌所致的尿道炎等有效。

阿奇霉素能迅速阻断细菌蛋白质合成，使细菌生长抑制。头孢菌素是杀菌剂，主要影响细菌细胞壁合成是细菌不能繁殖。它们的作用机制不同，所以对于使用一种药物不能控制的感染也可以合用。阿奇霉素还可以抑制细菌生物被膜形成，破坏生物被膜有利于头孢菌素类药物进入细菌细胞内，发挥杀菌作用。

阿奇霉素的半衰期比较长，所以用药方法也有些特别，一般建议使用3天停药4天，而头孢类抗菌素每天都需要使用，而且一天需要使用2-3次，才能起到较好的效果。

头孢类抗菌药物和阿奇霉素都可能引起胃肠道副作用，但是阿奇霉素发生率较高，阿奇霉素还可能导致心电活动异常，引起致命性心律失常，QT间期延长，有心脏疾病患者应该慎用。