1586年秀吉将其妹旭姬嫁与德川家康，并为家康正室，将自己的母亲大政所送回家康身边成为人质，德川家康此后臣从秀吉。

1585年秀吉被公家的近卫前久收养，就任关白，1586年受赐姓丰臣并就任太政大臣，确立了政权。1598年8月18日，丰臣秀吉于战役中逝世，死于伏见城，享年62岁。死前他亦已托付前田利家监视德川家康及辅佐丰臣秀赖。1598年，丰臣秀吉病逝，继承人是只有六岁的丰臣秀赖。秀吉是病逝前设立五大老和五奉行，家康为五大老首席。家康在秀吉病逝前，安排与部分大名进行婚姻，又在秀吉死后，私自分封领地；因此开始造成其他中老和奉行的不满，尤以石田三成为甚，三成的行动惹来了加藤清正、福岛正则等人袭击(文治、武斗派斗争)。在家康安排下，三成在佐和山城隐居。家康继续在伏见城及大坂城执行政务。1599年在大阪城祝贺秀赖时，家康察觉了对自己的暗杀计划，主谋者是前田利长、浅野长政、大野治长及土方雄久。大坂城内要求讨伐前田利长的声势高昂。家康在准备出兵之际，前田利长将他的生母芳春院送往江户城成为人质，事件得以平息。不过，不满家康的声音并没有减退，户泽正盛汇报东北地方大名上杉景胜积极进行军备，行动极不寻常，家康派遣使者要求景胜汇报甚至迫使上洛。上杉景胜没有理会警告，其家臣直江兼续写了《直江状》指责家康，家康看过后大怒，终在5月3日发表讨伐上杉的宣言。虽然五奉行中的前田玄以、长束正家和增田长盛以及三中老的中村一氏及生驹亲正要求中止出征，但家康决意行动，6月16日由大坂城出发，7月2日到达江户城。7 月中旬，石田三成与部分支持丰臣家的大名开始有所行动，以打倒家康为目的，7月18日包围伏见城，并开始进行攻击。8月1日西军攻下了伏见城。7月24日家康在小山的时候，斥候汇报了石田三成起兵的举动。家康在7月25日进行小山评定，大部分的随行大名支持德川家康的行动，并立即折返到江户城。家康在8月回到江户城，并派遣先锋在东海地方及东近畿地方交战。家康在9月1日出发，9月14日到达美浓。9月15日双方在关原交战，最初的形势对德川军不利，西军逐步进迫到本阵；不过到了中午左右，西军的小早川秀秋受到德川军恐吓射击后叛变支持德川军，形势得以扭转。最后德川军轻松在此场战争取胜，自此权力落在德川家康之中。