公司垫付的工伤医疗费，与社会保险经办机构结算。

工伤事故往往是突发事件，对工伤职工的抢救治疗刻不容缓，而工伤认定尚需时日，按《工伤保险条例》第四条和各地规定，工伤职工工伤认定前的治疗费用，由用人单位先行垫付，待工伤认定后与社会保险经办机构结算。

实践中，有不少是治疗终结或者基本终结凭票据到社会保险经办机构报销的情形，也又不少社会保险机构联通工伤职工的住院伙食费、伤残补助金一并支付给用人单位的情形，对上述情形，用人单位可以在社会保险经办机构支付的费用中扣除垫付费用。