应该指出，森林生态系统的物质循环既涉及森林生态系统与外部相邻生态系统之间营养物质输入输出的变化，又要研究森林生态系统内部营养物质的循环。森林生态系统内部营养物质的循环是指植物营养元素在森林群落和土壤之间往复变迁的过程，是由于生物能的驱动，物质循环发生了质的变化，使营养元素在生物有机体与环境反复循环。对森林生态系统物流分析着重于物流的方式和在各种生物有机体中运转速度测定，特别着重组织中营养元素的分析，并与生物量、净生产量的测定相结合，同时必须测定降雨带入土壤中的养分流动，以及生产者、消费者和分解者各营养级与土壤养分的输入和输出测定，森林生态系统养分的动态关系。

森林生态系统的养分在生物有机体内各不相同。森林与土壤间的循环可将大部分硝酸盐和磷酸盐集中于树木之中，而大部分钙集中于土壤中。土壤中的养分则主要依赖于枯枝落叶腐烂和根系吸收之间的周转，森林与土壤间矿质营养物质循环是迅速和近乎于封闭的。