南昌市红谷滩区原来分别属于南昌市新建县、东湖区和青山湖区。

2000年7月11日，南昌市正式启动红谷滩中心区4.28平方千米的开发建设。该区域原来分属新建区和东湖区。 2002年4月，南昌市委办公厅、市政府办公厅下发《关于南昌市红谷滩新区管理委员会所涉区域范围、机构设置和有关问题的批复》（洪办字[2002]26号），明确红谷滩新区党工委、管委会为市委、市政府的派出机构，正县级建制，根据授权，行使区内行政管辖权。同年5月15日，正式成立红谷滩新区工委、管委会，为市委、市政府派出机构。

2009年，江西省编办批准红谷滩新区管委会为副厅级建制。

　　2019年11月，国务院批复江西省人民政府：设立红谷滩区。