《琅琊榜2》主要讲述长林王府遭人陷害，父兄相继去世，二公子萧平旌逐渐学会成长的故事。该剧的背景设定在《琅琊榜》的几十年后，萧景琰的儿子继承王位，萧庭生被封为长林王，先后有了两个儿子，萧平章和萧平旌。

作为长林王府的世子，萧平章肩负起保家卫国的大业，他在战场上出生入死，立下赫赫战功，最后却因遭人陷害战死沙场，萧平章死后，萧平旌接替哥哥驻守边疆，从原本无忧无虑的王府二公子成为上阵杀敌的英雄。

好景不长，荀皇后的哥哥荀白水暗中扶植萧元启对抗长林王府，使长林王府因陷害被封府，萧庭生去世，长林军编制被撤，这一系列的事情使萧平旌面临前所未有的打击，还落得个抗旨的罪名，在众人的帮助下，萧平旌为长林王府洗脱罪名后便过起隐居的生活。

萧元启逼宫时，萧平旌再度出山，起兵勤王，最后成功挫败了萧元启的阴谋，使百姓重新过上安居乐业的生活，将大梁边境整顿完毕后，萧平旌不顾皇帝的再三挽留，毅然决然的抛下功名利禄，和爱人一起归隐，远离俗世纷争。