一级结构：构成蛋白质的单元氨基酸通过肽键连接形成的线性序列，为多肽链。维系力量是共价键（肽键）。

二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α螺旋和β折叠，其次还有β-转角，无规卷曲。维系力量为氢键。

三级结构：通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构。三维形状一般都可以大致说是球状的或是纤维状的。三级结构主要是通过结构“非特异性”相互作用来形成。维持力量为疏水作用力，离子键，氢键，二硫键，碱基堆积力等。

四级结构：用于描述由不同多肽链（亚基）间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子，是多于一条多肽链的蛋白质分子的空间排列。不是所有的蛋白质都有四级结构。亚基之间不一定要共价连接，但有一些亚基之间是通过二硫键来连接的。主要是疏水作用。