1、品种不同：旗鱼和金枪鱼的外形比较相似，但是它们是不同的科属。虽然都是鲈形目的鱼类，但金枪鱼是鲭科、金枪鱼属，旗鱼是鲈形目、旗鱼科的。

2、价值不同：旗鱼和金枪鱼虽然都是可食用的鱼类，但是它们两者的营养价值有很大的区别。金枪鱼的营养价值会更高一些，而且吃起来的口感也会更好一些，价格也会更贵一点。所以不论是营养价值和商业价值，金枪鱼都会更高一些。

3、鱼鳍不同：旗鱼的鱼鳍更加发达，尤其是它们的背部会有一片像芭蕉叶一样的背鳍。金枪鱼的鱼鳍并不丰富，而且鱼鳍的体积相对来说也会更小一些。