两者的主要区别如下：

　　1、权利主体不同。行使追索权的主体既可以是票据权利人，也可以是履行了清偿义务的被追索人，而行使付款请求权的主体只能是最后持票人。

　　2、行使对象不同。付款请求权的行使对象只能是票据上的付款人，而追索权的行使对象则包括除付款人之外的其他所有票据债务人，追索权人可自由地向票据上的出票人、背书人、保证人等行使追索权。

　　3、权利行使的时间不同，追索权既可以在票据到期之前行使，也可以在票据到期之后行使，而付款请求权只能在票据到期后才能行使。

　　4、行使的次序不同。持票人必须首先行使付款请求权，所以付款请求权被称为第一票据权利。持票人行使付款请求权有两个结果，一是付款人履行了付款义务，持票人付款请求权二道满足，票据关系消灭，无从发生追索权。二是持票人付款请求权无法实现或有无法实现之虞，则可行使追索权，因此追索权是第二次票据权利。

　　5、行使条件不同。付款请求权是无条件的票据权利。而追索权的行使则是有条件的，持票人必须在法定条件发生时方可行使。

　　6、行使次数不同。付款请求权行使一次得到满足后，即行消灭。而追索权则可以多次行使，持票人行使追索权时，在获得被追索人的清偿后，追索权并未消灭，而是移转给被追索人，由被追索人再向其前手行使追索权。被追索人称为第二次追索权人。追索权可以像这样逐次移转，直到最后债务人清偿后，整个票据关系消灭，追索权才会消灭。

　　7、支付金额不同。付款请求权请求支付的金额为票据金额，而追索权请求支付的金额除了票面金额之外，还包括利息，以及取得有关拒绝证明等有关费用。因为行使追索权的目的是要达到与付款请求权正常实现后相当的效果，票据到期后一经提示应获得付款，持票人自此日起有权获得利息，但因付款人拒付引起追索，结果使持票人损失了从即日到清偿之日的利息，而且追索权人为保全权利取得有关拒绝证明，也要支付额外的费用，所以票据法规定应将利息、相关费用纳入到追索的金额范围内，以实现追索权的目的。当然，期前追索期前获得付款的，则应扣除从清偿日到到期日的利息。因此，期前追索的金额有可能是少于票据的票面金额的。

　　8、根据我国票据法的规定，付款请求权的消灭时效一般为两年，而追索权的消灭时效一般为6个月，再追索权的消灭时效一般为三个月。

　　票据追索权的本质是为保障持票人的去权利，增强票据信用，以促进票据流通，而由票据法所作的特别制度设计。是在所有类型的有价证券中，由票据持有人独享的票据权利。票据追索权与票据无因性同为票据法两大重要制度，二者并行不悖，以保障持票人利益为直接目的，共同服务于促进票据流通的立法宗旨。