关于这个问题回答如下：

1.这种情况需要重新补充申报，不过如果公司确实存在多缴税款，不会有什么大问题。因为有多缴税款不会因为错过汇算申报规定的最后时限产生滞纳金。

2.建议你在电子税务局重新申报，如果电子税务局无法操作，建议到办税服务厅办理。

3.关于企业所得税退税原因，建议你分析一下你的申报规定，看填报是否存在问题，如果有问题，注意更正以前申报数据，如果没有问题，就不用担心，该申请退税申请退税。如果税务机关认为有疑点，可以配合税务机关核实或者进行必要说明。

4.实务中税务机关对退税有时提出一些质疑是正常的，但是并不是所有税务机关质疑的事项都是一定有问题的，有时可能没有什么问题，做好解释就行了。

5.具体申报数据有什么不清楚的，欢迎交流，继续帮你答疑解惑。