益生菌本质上也是细菌，虽然目前一般认为益生菌是安全的，但也有少量研究发现益生菌存在一定的健康风险，比如在免疫功能低下的病人身上会诱发感染。

目前对益生菌的健康益处宣传早就超出了医学范畴，很多是商业行为，没有多少理论依据。商业宣传和医学建议的不同之处就在于，商业宣传希望越多的人来买越好，哪怕是完全没必要用的人，甚至是用了有害的人他们也不会拒绝。而医学建议往往是有严格的适用范围的。

目前关于益生菌使用真正科学严谨的医学建议还非常有限，可能仅仅对于某些类型的肠易激综合征有效，其他都还没有多少证据。对于新生儿更少。

从谨慎角度出发，不建议给新生儿喝益生菌。首先，目前没有任何证据支持给新生儿喝益生菌可以带来多少好处。其次，新生儿的免疫系统很大程度还处于未知状态，基本尚未发育完全，而且也不知道是否存在常见或罕见的免疫缺陷，盲目喂益生菌可能造成不可预料的健康风险。